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一种高效的针对于放线菌基因组拼接的方法.pdf

摘要
申请专利号:

CN201611005096.6

申请日:

2016.11.15

公开号:

太阳城集团CN106778076A

公开日:

2017.05.31

当前法律状态:

实审

有效性:

审中

法律详情: 实质审查的生效IPC(主分类):G06F 19/22申请日:20161115|||公开
IPC分类号: G06F19/22(2011.01)I; G06F19/16(2011.01)I 主分类号: G06F19/22
申请人: 上海派森诺生物科技股份有限公司
发明人: 肖岚; 叶伟星; 姜丽荣; 孙子奎
地址: 200231 上海市徐汇区银都路218号2号楼1、2层
优先权:
专利代理机构: 上海天翔知识产权代理有限公司 31224 代理人: 吕伴
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法律状态
申请(专利)号:

太阳城集团CN201611005096.6

授权太阳城集团号:

|||

法律状态太阳城集团日:

2017.06.23|||2017.05.31

法律状态类型:

实质审查的生效|||公开

摘要

本发明公开的一种高效的针对于放线菌基因组拼接的方法,包括步骤:步骤A、采用第三代测序平台对放线菌进行建库测序;步骤B、采用第二代测序平台对放线菌进行建库测序;步骤C、对第三代测序平台的下机数据进行拼接;步骤D、对第二代测序平台的下机数据进行拼接;步骤E、对两个平台的拼接结果进行共线性分析以得到各序列之间的连接关系,依赖该连接关系对序列进行连接;步骤F、利用第二代测序平台下机数据对连接结果进行校正。本发明通过结合第三代测序和第二代测序的优势,得到了较完整的放线菌基因组拼接结果,为揭示其生理生化特征及代谢规律提供基因组学基础。

权利要求书

1.一种高效的针对于放线菌基因组拼接的方法,其特征在于,包括步骤:
步骤A、采用第三代测序平台对放线菌进行建库测序;
步骤B、采用第二代测序平台对放线菌进行建库测序;
步骤C、对第三代测序平台的下机数据进行拼接;
步骤D、对第二代测序平台的下机数据进行拼接;
步骤E、对两个平台的拼接结果进行共线性分析以得到各序列之间的连接关系,依赖该
连接关系对序列进行连接;
步骤F、利用第二代测序平台下机数据对连接结果进行校正。
2.如权利要求1所述的一种高效的针对于放线菌基因组拼接的方法,其特征在于,所述
步骤A中,所述第三代测序平台为PacBio RSⅡ。
3.如权利要求2所述的一种高效的针对于放线菌基因组拼接的方法,其特征在于,所述
步骤B中,所述第二代测序平台为Illumina MiSeq。
4.如权利要求3所述的一种高效的针对于放线菌基因组拼接的方法,其特征在于,所述
步骤C中,所述拼接软件为SMRT Analysis。
5.如权利要求4所述的一种高效的针对于放线菌基因组拼接的方法,其特征在于,所述
步骤D中,所述拼接软件为Newbler。
6.如权利要求5所述的一种高效的针对于放线菌基因组拼接的方法,其特征在于,所述
步骤E中,共线性分析软件为MUMMER。
7.如权利要求6所述的一种高效的针对于放线菌基因组拼接的方法,其特征在于,所述
步骤F中,所述序列校正软件为pilon。

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